Prirodoslovni odjel

Prirodoslovni odjel osnovan je 1957. godine. Fundus popunjava darovima građana, otkupima i terenskim istraživanjima. Sadrži oko 1200 predmeta raspoređenih u pet zbirki.

Geološko-paleontološka zbirka temeljna je zbirka Prirodoslovnog odjela MBP-a. Sadrži raznorodni fosilni materijal te uzorke sedimentnih stijena s područja brodskog Posavlja, ali i drugih krajeva Hrvatske i inozemstva. Najzastupljeniji su fosilni ostaci mekušaca (školjke i puževi) iz razdoblja neogena, tzv. Panonskog mora. U zbirci se čuvaju fosilni ostaci koralja, otisci listova, otisci riba, fosilni ježinci i drugo. Razdoblje pliocena zastupljeno je s nekoliko stotina slatkovodnih puževa i školjki, a razdoblje kvartara fosilnim ostatcima ledenodobnih sisavaca poput stepskog i vunastog mamuta, stepskog bizona, pragoveda, praslonova i vunastih nosoroga. U zbirci se čuvaju brojni fosilni ostatci zuba mamuta, a najznačajniji i jedan od najprepoznatljivijih predmeta iz fundusa Muzeja je lubanja s kljovama stepskog mamuta (Mammuthus trogontherii).

Minerološko-petrografska zbirka

Zbirka sadrži uzorke minerala i stijena iz Dilj gore, drugih krajeva Hrvatske i svijeta. U zbirci se čuvaju uzorci magmatskih i metamorfnih stijena poput granita, gnajseva, pegmatita i  mramora prikupljeni uglavnom na području Hrvatske. Otkupom prirodoslovne zbirke fra Marija Crvenke 2015. godine Muzej je značajno obogatio mineraloški fundus vrijednim primjercima minerala iz najpoznatijih svjetskih rudnika. U zbirci se tako čuvaju rariteti poput lepoglavskog ahata, vulkanskog stakla s Kavkaza, hijalofana iz Busovače, ahata iz Argentine, sulfida iz Trepče (sfalerit i galenit), smaragda iz Konga, rubina iz Tanzanije i mnogih drugih.

Botanička zbirka

Temelj zbirke čini herbarij književnice Ivane Brlić-Mažuranić, koji sadrži 215 primjeraka prešanog bilja, najvećim dijelom iz okolice Broda. Manji broj presanog bilja koji potječe iz drugih krajeva (Italija, Švicarska, Slovenija) s putovanja su joj donosili prijatelji i članovi obitelji. Zbirka se dalje nadograđuje prikupljanjem i presanjem bilja s područja brodskog Posavlja.

Zoološka zbirka

Zoološka zbirka je u nastajanju, a zasad sadržava nekoliko dermoplastičnih preparata ptica i sisavaca sa slavonskobrodskog područja. Najimpozantniji je preparat sove velike ušare (Bubo bubo) prepariran davne 1965. godine. U zbirci se čuvaju i dermoplastični preparati lisice, kune bijelice, vjeverice, patke kržulje, velikog vranca i dr.

Zbirka recentnih mekušaca

Zbirka recentnih mekušaca nastala je nakon otkupa prirodoslovne zbirke fra Marija Crvenke. Sastoji se od kućica recentnih puževa i ljuštura školjkaša prikupljenih diljem obala, grebenskih i dubljemorskih okoliša svjetskih mora. Krase ih žarke boje i bogato ukrašene kućice. Neki od najljepših primjeraka dolaze s Filipina, Havaja, južnog Pacifika, Indijskog oceana, obala Australije i Sredozemlja.